- Erstellung eines Alignments
- Berechnung einer Distanz Matrix
- Erstellung eines Baumes
Die Schritte 2 und 3 werden von MEGA in einem durchgeführt. Wenn man mit dem Alignment zufrieden ist, exportiert man die Daten für eine phylogenetische Analyse.
Danach wechselt man zum Hauptfenster von MEGA und wählt unter Phylogeny "Construct/Test Neighbor-Joining Tree...".
Im nun offenen Fenster (Analysis Preferences) wählt man die gewünschten Einstellungen zur Berechnung der Distanz Matrix (siehe Phylogentische Analysen - Grundlagen von Bäumen) und definiert wie man die Phylogenie testen will. Zweiteres kann man mit gutem Gewissen mit einem Bootstrap Test (500 Replikate) durchführen.
Durch die Bestätigung der Einstellungen wird die Baumkonstruktion und der Test der Phylogenie gestartet.
Das Ergebnis lässt sich als MEGA Tree-Session speichern, um später weiter zu arbeiten, als Bild exportieren um es in einer Präsentation zu verwenden oder man kann an den Details der Darstellung arbeiten. Mehr dazu in einem anderen Post.
Thomas
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